Έχοντας το χάρισμα της Ιεραποστολικής εργασίας, άρχισε από το 1956, σε ηλικία τότε 16 ετών, την αδιάκοπη και εθελοντική προσφορά του στον εκκλησιαστικό αλλά και στον ευρύτερο κοινωνικό του περίγυρο. Σε ηλικία 16 ετών, ως μαθητής, ίδρυσε και διηύθυνε την 50μελή χορωδία του Ε’ Γυμνασίου Πειραιώς. Επίσης, από ηλικία 18 ετών, άρχισε τα πρώτα κηρύγματα και ομιλίες του, αρχίζοντας από τον Ιερό Ναό της Κοιμήσεως της Θεοτόκου, στη Σαλαμίνα, και συνέχεια σε άλλους Ιερούς Ναούς, σε μαθητικές και φοιτητικές δράσεις στις περιοχές του Λεκανοπεδίου της Αττικής και σε άλλα μέρη της Ελλάδος. Aσχολήθηκε συστηματικά με τη διοργάνωση και διεύθυνση διαφόρων ομάδων νέων, φοιτητών, εργαζομένων, οικοτροφείου μαθητών, kατασκηνώσεων, έχοντας και την πνευματική καθοδήγηση της Αδελφότητος «ο Παράκλητος»

Από το 1959 βρέθηκε για πρώτη φορά στη Ναύπακτο, σε φοιτητική ηλικία 19 ετών, ύστερα από πρόσκληση του Μητροπολίτη Ναυπακτίας και Ευρυτανίας Δαμασκηνού Κοτζιά, όπου και αναδιοργάνωσε συνολικά το έργο της νεολαίας, από το καλοκαίρι του 1963 και μετέπειτα. Υπήρξε ο ιδρυτής, ο διοργανωτής και ο Αρχηγός των Κατασκηνώσεως Αρένων της Ιεράς Μητροπόλεως Ναυπάκτου.

Τον Οκτώβριο του 1963 βρέθηκε στο Ηράκλειο της Κρήτης όπου κατετάγη στον στρατό και υπηρέτησε ως Δοκιμος Αξιωματικός, Εκπαιδευτής Υποψηφίων Αξιωματικών, στη Σχολή Εφέδρων Αξιωματικών Πεζικού (Σ.Ε.Α.Π.), συνεχίζοντας παράλληλα την ιεραποστολική, εθελοντική δράση του, με διοργάνωση χορωδίας, συναυλιών, κατηχητικών, ομιλιών κ.λπ. Υπηρετώντας ως Αξιωματικός, του ελληνικού στρατού, και στη Ναύπακτο, εργάσθηκε ταυτοχρόνως εθελοντικά, με την ευλογία του Μητροπολίτου Δαμασκηνού, ως λαϊκός Ιεροκήρυξ, με περιοδείες στα απόμακρα χωριά της Ορεινής Ναυπακτίας.

Κατά τα σχολικά έτη 1966 – 1967 υπηρέτησε ως Καθηγητής Θεολόγος, στη Μέση Τεχνική Εκπαίδευση της Ναυπάκτου.

Στο τέλος του 1966 – αρχές του 1967, με τη συμφωνία του Μητροπολίτου Ναυπακτίας Δαμασκηνού προσεκλήθη από τον Μακαριστό Μητροπολίτη Τρίκκης και Σταγών, Διονύσιο Χαραλάμπους, για να ηγηθεί στη διοργάνωση του φιλανθρωπικού, ιεραποστολικού και νεανικού έργου της Ιεράς Μητροπόλεως στα Τρίκαλα, στην Καλαμπάκα και σε όλη την περιοχή Τρίκκης και Σταγών.

Τον Αύγουστο του 1967, ο ίδιος ο Μητροπολίτης Διονύσιος προσκάλεσε και έκειρε Μοναχό τον π. Σπυρίδωνα στις 16-9-1967, σε ηλικία 27 ετών.
Την επόμενη ημέρα, στις 17-9-1967, ο κυρός Διονύσιος τον χειροτόνησε Διάκονο και την 1-10-1967 τον χειροτόνησε Πρεσβύτερο. Την ίδια ημέρα, ο παρών στη χειροτονία Μητροπολίτης Ναυπακτίας κ. Δαμασκηνός τον χειροθέτησε με το οφίκιο του Αρχιμανδρίτη. Στην περιοχή των Τρικάλων ανέπτυξε μεγάλη ιεραποστολική δράση ως κληρικός, συνέβαλε στην αναβίωση του Μετεωρίτικου Μοναχισμού, και μεταξύ των άλλων, αναδιοργάνωσε πλήρως το προνοιακό και φιλανθρωπικό έργο.

Τον Οκτώβριο του 1968, ο π. Σπυρίδων Λογοθέτης τελείωσε την παραμονή του στα Τρίκαλα και επέστρεψε στη Ναύπακτο, όπου και παρέμεινε οριστικά, αναδιοργανώνοντας, ιδρύοντας και χρηματοδοτώντας πλήθος δράσεων ιεραποστολής, προνοιακού, κοινωνικού, εκπαιδευτικού και πολιτιστικού χαρακτήρα. Ενδεικτικά καταγράφονται το οικοτροφείο μαθητών, οι κατασκηνώσεις, οι κατηχητικές ομάδες, οι χορωδίες, τα θεατρικά, αλλά και οι αδιάκοπες ιεραποστολικές περιοδείες σε όλη την περιοχή της ορεινής και πεδινής Ναυπακτίας.

Η δράση του ξεπέρασε τα όρια της επαρχίας και επανειλημμένα βρέθηκε σε περιοδείες και ομιλίες σε διάφορα μέρη της Ελλάδος, καθώς και στην αλλοδαπή.

Αναμφίβολα, το μεγαλύτερο έργο του π. Σπυρίδωνος είναι η έμπνευση, ο σχεδιασμός, η ίδρυση, η ανέγερση εκ βάθρων, η διοργάνωση, λειτουργία και η διεύθυνση του Ιεραποστολικού Κέντρου – Ιεράς Μονής Μεταμορφώσεως του Σωτήρος Ναυπάκτου, που θεμελιώθηκε το 1977, στη Σκάλα, Δήμου Ναυπακτίας. Υπήρξε ο πρώτος Μέγας Ευεργέτης, Κτήτορας, Γέροντας και Πρώτος Καθηγούμενος του μεγάλου αυτού ιερού έργου, με το πλήθος των Εκκλησιαστικών, Μοναστικών, Ιεραποστολικών, Εθνικών, Φιλανθρωπικών, Κοινωνικών, Επιστημονικών και λοιπών δραστηριοτήτων που συνεχίζει ως σήμερα την ενεργό δράση του και παρουσία στον ευρύτερο κοινωνικό και εκκλησιαστικό χώρο, πάνω στις παραδοσιακές αξίες του Ορθόδοξου Μοναχισμού και του Ελληνισμού.